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    1. 全长转录组测序

      ?产品介绍

      全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列?;赑acBio三代测序平台的转录组研究,无需打断,直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列,准确辨别二代测序无法识别的同源异构体(isoform)、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。

      分析内容

      1

      结果展示

      测序reads展示

      全长转录组采用单分子实时测序技术,通过构建哑铃型文库,以环形方式循环测序。为了避免测序过程中对短片段偏好性,保证不同长度转录本的覆盖度,会按照转录本长度分开建库。通过对各文库测序所得reads长度统计,评估各文库构建质量。

      3-reads
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      ROI 序列长度分布

      下机原始数据通过数据处理去除哑铃型接头部分,每个单分子ZMW里插入序列的最高质量序列即为ROI序列,ROI数量是评估测序好坏的一个指标。ROI序列长度与建库时的cDNA长度选择有关,ROI序列随cDNA长度的增加而增加。

      可变剪接分析

      基因转录生成的前体mRNA(pre-mRNA),有多种剪接方式,选择不同的外显子,产生不同的成熟mRNA,从而翻译为不同的蛋白质,构成生物性状的多样性。这种转录后的mRNA加工过程称为可变剪接或选择性剪接(Alternative splicing)??杀浼艚永嘈桶ǎ?A) 外显子跳跃;(B) 可变转录终止位点;(C) 可变外显子;(D) 可变转录起始位点;(E) 内含子保留。百迈客使用Astalavista软件获取每个样品存在的可变剪接类型。

      4-
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      转录本NR注释

      Nr数据库是NCBI中的非冗余蛋白质数据库,包含了Swissprot、PIR(Protein Information Resource)、PRF(Protein Research Foundation)、PDB(Protein Data Bank)蛋白质数据库及从GenBank和RefSeq的CDS数据翻译过来的蛋白质数据信息。通过序列比对寻找同源物种,并进行注释。

      转录本GO注释

      GO数据库是GO组织(Gene Ontology Consortium)于2000年构建的一个结构化的标准生物学注释系统,旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系,适用于各个物种。GO注释系统是一个有向无环图,包含三个主要分支,即:生物学过程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和细胞组分(Cellular Component)。

      7-4
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      转录本KEGG注释

      在生物体内,不同的基因产物相互协调来行使生物学功能,对表达基因的通路(Pathway)注释分析有助于进一步解读基因的功能。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。

      全长转录组测序中,为什么要建3个以上文库?

      答:全长转录组采用单分子实时测序技术,通过构建哑铃型文库,以环形方式循环测序。测序时,短片段文库更容易落入零模波导孔。为了避免测序过程中短片段文库偏好性,保证不同长度转录本的覆盖度,因此,会构建3个或3个以上文库。

      全长转录组中ROI,subread, FLNC分别指什么?

      答:ROI(Reads of Insert):指每个单分子测序反应器ZMW里插入序列的最高质量序列

      Subread:每个聚合酶序列(polymerase read)被分割成的一个或多个子序列(Subread)

      FLNC(Full-Length non-chimericRead):全长非嵌合序列,即两端同时含有3’引物和5’引物,及3’引物前含有polyA尾的非人工嵌合序列。

      建库过程中因接头浓度或SMRTbell浓度过低造成两个cDNA模板链直接相连而生成的嵌合序列称为人工嵌合序列

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