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    1. BSA关联定位

      快速,准确,高性价比

      高效快速基因定位策略

      BSA分析是将分离群体中表现出极端性状的个体混合起来构建两个混池,通过分析两个混池间差异序列,快速定位与目的基因紧密连锁分子标记的分析方法,该方法广泛应用于动植物基因定位中。

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      个性化分析方案

      BSA分析以其快速、准确、性价比高的分析特点在许多物种的几十个性状上得到广泛应用

      针对特定的群体和性状,我们将会推荐合理的分析方案

      • 物种取样

      • 建库测序

      • 标记开发

      • 关联分析

      • 云端数据深入挖掘

      分析内容

      根据物种基因组大小、复杂度和研究目的,可以选择不同的分析策略,包括重测序-BSA及其突变体分析形式Mutmap、SLAF-BSA和转录组-BSA(BSR)

      重测序-BSA
      测序数据质控
      与参考基因组比对
      SNP、InDel检测和注释
      关联分析
      关联区域注释

      SLAF-BSA
      测序数据质控
      与参考基因组比对(有参物种)
      标签聚类分析(无参物种)
      SLAF标记开发(SNP、InDel)
      关联分析
      关联区域注释(有参物种)

      BSR
      测序数据质控
      转录组数据与参考基因组序列比对
      (无参进行亲本unigene库组装)
      基因结构分析
      基因表达量分析
      关联分析
      候选区域可变剪接(针对有参物种)
      候选基因差异表达分析及功能注释

      技术优势

      百迈客成功完成了近300个物种的1000多个性状的定位工作,项目经验及其丰富

      目前已发表文章30+,累计影响影子100+

      公司拥有 40 余项专利技术和 150 余项软件著作权,可根据项目需要选择最佳分析方案,保障结果精准

      自己动手做分析–百迈客云

      BSA定位、关联阈值调整、关联区域数据深度挖掘,这些你都可以通过百迈客云轻松实现!

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      选材要求及测序方案

      取样要求 测序方案 项目周期
      重测序-BSA需要有参考基因组序列的物种,SLAF-BSA和BSR有无参考基因组均可 Hiseq测序平台,PE150bp测序策略,保证Q30达到80% SLAF-BSA:40天
      重测序-BSA、BSR:45天
      具有重要农艺性状个体构建的遗传群体(临时群体:F1、F2;永久群体:RIL、DH、NIL?等) SLAF-BSA:?推荐混池中每个子代标签平均深度≥1×,亲本标签平均深度≥20×
      子代混池规模:质量性状不低于30+30(SLAF-BSA推荐不低于50+50),数量性状推荐选取群体规模的5%-10%,同时不低于30+30(SLAF-BSA推荐不低于50+50)的个体数 重测序-BSA:推荐混池中每个子代测序深度≥1×,每个亲本≥10×
      BSR取样时选取所关注性状发育的关键时期 BSR:推荐亲本测序量不低于6G?Clean?data,子代混池测序量不低于10G?Clean?data

      测序数据统计与评估

      高质量的测序数据是进行后续分析的重要基础,在获得测序的Raw data后,我们将会进行测序数据产出统计、碱基测序质量分布、碱基类型分布等多种测序评估方式,保证测序数据的准确性。

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      遗传变异检测

      SNP(Single Nucleotide Polymorphism)及InDel(Insertion-Deletion)是基因组上最为常见的遗传标记,具有数量多、多态性丰富的特点,SNP和InDel的检测主要通过GATK和samtools软件工具包实现,变异位点注释使用SnpEff软件。

      关联分析

      根据亲本和混池的SNP及Indel标记,利用SNP-Index和ED分析方法同时进行标记与性状的关联分析,获得与目标性状相关的基因。

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      关联区域注释

      应用BLAST软件对候选区间内的编码基因进行多个数据库(NR、Swiss-Prot、GO、KEGG、COG)的深度注释,通过详细的注释,进一步缩小关联区域,快速筛选候选基因。

      成功案例

      混池规模多少合适?

      对于数量性状定位的混池,通常建议混池规模为群体大小的5%-10%。不同的测序策略,混池规?;嵊新晕⒌牟畋?,重测序BSA及转录组BSA最低要求30个以上,SLAF-BSA最低要求50个以上。文献报道(300样/池&160样/池相比)混池规模越大,定位的效果会越好。

      混池的测序深度推荐?

      常测序数据量越大,标记的准确性会越高,但成本也会越高,综合考虑,在这里我们给大家提供BSA项目的最低数据量。对于SLAF-BSA,通常我们建议子代混池至少达到每个个体1×的数据量,比如混池规模为30+30,那么每个混池测至少30×;对于重测序BSA,混池规模在50以下,子代1×的数据是可以的,但是像基因组比较大的物种(如玉米),若混池规模为100+100这样的情况,每个混池测50×也是没有问题的。

      BSA能不能做由Indel、结构变异(转座子滑变)、导入系片段所引起的性状差异的定位?

      能做。现在我们的BSA关联分析是基于SNP,因为SNP在基因组上的密度要远远高于Indel以及结构变异,这会使我们定位更加精细。如果某一个性状是由Indel、结构变异、导入系所引起的,那么它通常是与某些SNP连锁发生的,通过SNP我们会找到候选区域,再在候选区域内寻找这些Indel或结构变异或导入系,来寻求决定该性状的Indel或结构变异或导入系。

      BSA没有亲本可不可以做?

      可以,对于没有亲本的混池,我们会采取ED的方法进行关联分析。

      有亲本和没有亲本,对定位效果有影响吗?

      有影响。从关联分析的方法上,有亲本的BSA我们会有两种关联分析方法,SNP-Index和ED,最后的定位结果是两种方法的交集,无亲本的只能用ED的方法进行关联分析。有亲本的作用是排除亲本非多态性标记对定位的影响,举例说明一下,有一个标记在混池间是有多态性的,但在亲本上是没有多态性,如果有亲本,我们的定位结果是不会有这样的标记,但是没有亲本,定位结果中就会有这样的标记,定位的区域会变大,假阳性较多。

      老师群体有两个,但每个个体都不多,能不能把两个群体混合做?

      不可以,两个不同群体所采用的阈值没法计算。

      SLAF-BSA定位区域,想在精细一点怎么做?

      推荐至少做两个亲本的重测序,这样我们会提供定位区域内非同义突变基因的信息,进一步缩小候选区域的范围,相当于在SLAF-BSA的基础上精细点,如果老师经费允许的话,群体也做重测序效果肯定是更好的,群体的SNP信息要远高于SLAF的,定位也会相应变精细点。

      无参做SLAF-BSA和BSR区别?

      没有参考基因组的话,通过SLAF我们只能关联到一些标签,对于老师后期的数据利用并不是特比好,而通过转录组可以进行Uningene的组装,进而通过关联分析获得候选区域内的Uningene信息并进行功能注释,对于老师后期数据利用还是比较好的。

      Mutmap定位的适用条件?

      化学诱变或者是物理诱变引起的点突变;野生型亲本重测序+突变型子代混池测序;有参考基因组;任何发生性状分离的家系群体。

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