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    1. CircRNA测序

      产品介绍

      环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。近几年的研究表明,circRNA在生物的生长发育、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。CircRNA功能众多,可作为miRNA的海绵,竞争性结合miRNA,发挥ceRNA的调控功能,调控基因表达。近年来还发现与疾病的发生和发展密切相关,在疾病诊断标记物等方向具有很大的应用前景。

      分析内容

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      多种标准化和个性化分析

      标准数据分析:与参考基因组对比、circRNA来源基因分析、预测circRNA、circRNA表达水平分析

      高级数据分析:circRNA-miRNA互作分析、互作网络图绘制、ceRNA分析、WGCNA分析

      文库类型多样化,环状/Lnc任您挑

      环状RNA文库排除线性RNA 干扰,提高数据可靠性及利用率。lncRNA文库一举三得,CircRNA、mRNA、lncRNA一网打尽,共表达分析深化机理研究

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      结果展示

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      CircRNA预测

      circBase数据库中收录了人、小鼠、线虫、矛尾鱼和腔棘鱼五个物种的CircRNA序列。百迈客综合目前应用最广泛的CircRNA预测软件对环状RNA成环的剪接位点进行预测,候选CircRNA的剪接位点两侧存在GU/AG。相同染色体上来源基因起止位点相同即为同一CircRNA。多个样品取并集得到的所有CircRNA用于后续分析。

      circos分析

      我们会对CircRNA在基因组上的分布作统计分析,并用circos图呈现出各个样品CircRNA表达量。circos图清晰展示出不同样品某位点环状RNA剪接稳点的数量及junction reads覆盖深度。

      circrna-4
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      差异CircRNA聚类分析

      聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类,从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能,同类基因可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达CircRNA做层次聚类分析,将具有相同或相似表达行为的CircRNA进行聚类。

      差异CircRNA来源基因注释

      生物体内,在特定条件下某些基因对应的转录本会形成环状RNA,失去编码功能,从而影响生物学表型。因此,针对circRNA的来源基因分别进行GO和KEGG注释及富集分析,有助于深入挖掘circRNA功能。

      circrna-6
      没有参考基因组是否能做CircRNA呢?

      答:在CircRNA预测时,测序clean reads需要与参考基因组比对,得到准确的成环剪接位点(breakpoint);如果没有参考基因组或者只有无参转录组得到的Unigene,可能会由于拼接错误等造成CircRNA预测不准确,所以为了得到准确的分析结果,需要选择有参考基因组物种进行分析。

      CircRNA的成环机制都有哪些?

      答:CircRNA的成环机制有:套索驱动的环化;内含子配对驱动的环化;内含子环化;RBP或一类反式因子驱动的环化;可变剪接引起的环化。

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